从2015年起，实行公立医疗机构“全员目标年薪制、年薪计算工分制”，实现目标年薪全员覆盖，并实行同工同酬，突破人事编制与聘用的界限。院内人员年薪以工分制计算，即年薪计算由基础工分、工作量工分和奖惩工分三部分组成，彻底打破了人员工资与科室创收挂钩的分配模式。另外，还要求医院必须对本院上一年度薪酬发放情况进行院内公示，让每个职工相互了解薪酬发放情况，体现公平公正透明，防止暗箱操作，充分调动医务人员积极性，逐步实现“三个回归”（公立医疗机构回归公益性质、医生回归看病角色、药品回归治病功能）。
4.建立健全薪酬保障机制
三明医改挤压药品耗材流通领域水分、规范医务人员不合理的医疗行为，推动药品耗材“量价”齐下，为调整理顺医疗服务价格腾出空间。通过“腾笼换鸟”动态调整医疗服务收费价格，提高医疗服务性收入的比重，逐步实现医疗服务性收入、药品耗材收入、检查化验收入分别占比5：3：2的目标。据统计，先后8次动态调整理顺医疗服务价格，共转移增加医院医疗服务性收入达57.39亿元，提高了医院收入的“含金量”，为实行工资总额核定下的全员目标年薪制提供财力保障，解决了公立医疗机构薪酬制度改革“钱从哪里来”的问题。
5.严格执行工资总额制度
一是严格执行“两条红线、一条底线”的原则。“两条红线”，即医院工资总额由三明市财政局、人力资源和社会保障局根据考核结果进行核准，医院不得突破核定的工资总额，院长必须在核定额度内自主分配；同时，不得亏损兑现。“一条底线”，即当医院无法兑现医务人员档案工资时，不足部分由当地财政补足，保证档案工资发放。
二是明确分配比例。严格规定工资总额的分配结构，医生（技师、临床药师）、护理和行政后勤管理团队的分配分别占工资总额的50%、40%、10%。各级医院结合工作量完成情况，将普通药师放在护理团队分配。
三是规定最高薪酬比例。明确把握好医师、护士和行政后勤人员的最高年薪比例，护士应在医师的70%以内，行政后勤人员应在医师的50%以内，突出贡献医务人员个人最高奖励不得突破规定目标年薪的1倍，即60万元。
6.改革医院财务管理制度
规范医院结余管理，医院年度收入分配后结余资金90%提取作为事业发展基金，5%提取作为职工福利基金，5%提取作为奖励基金，并明确相应支付范围和目的；实行全面预算和全成本核算，完善财务报表，明确各项收入、支出和结余，加强基本建设、设备购置、运行经费监管，提高医院运行效益。
7.激发基层内生动力
2014年起，三明市从乡镇卫生院内部人事分配制度改革入手，打通编制内外人员使用界限，实行同工同酬，改革工资总额核定办法，实行全员目标年薪制。人员工资核定总额改由三部分构成：
一是所有人员（含编制外人员）的基本工资和基础性绩效工资由财政核拨；二是扣除成本后基本公共卫生项目服务的收入（参照福建省基本公共卫生服务项目补偿参考标准，2020年人均74元，根据卫生院承担政府购买服务工作的数量、质量及群众满意度，经考核后拨付，这部分收入扣除物耗直接成本后，剩余纳入工资总额，以促进基本公共卫生服务项目的开展和物耗成本的节约）；三是鼓励开展基本医疗服务，所得收入的医疗服务收入部分，扣除运行成本后的80%用于发放工资。2020年三明市乡镇卫生院院长（社区卫生服务中心主任）年平均收入达16.94万元，医务人员年平均收入达12.39万元，已经出现县级医院骨干愿意到乡镇卫生院担任院长的良好势头。
8.探索专业公共卫生机构薪酬制度改革
2017年，在三明市妇幼保健院、三明市皮肤病医院、三明市台江医院（精神专科）参照执行公立医疗机构薪酬政策，充分调动专科医务人员参与预防的积极性。同时，动态调整、持续完善专业公共卫生单位考评机制，调高3家医院党高官和院长基数年薪至27万元，并且明确年终绩效考核时以80分为合格线，低于80分只拿档案工资；高于80分，每增加1分，增加年薪基数一个百分点。此外，从2020年起，明确在公立医疗机构内从事预防医学的公共卫生医师执行医师目标年薪标准，与同级别医师享受同等待遇，这有助于稳定基层疾控队伍。
探索疾控机构综合改革。对疾病预防控制中心实施“公益一类保障、公益二类管理”，即允许疾控机构突破现行事业单位工资调控水平，以购买服务的模式，通过建立医防协同以及对外提供医疗卫生技术服务获得的收入，在扣除必要的成本后，可提取60%作为绩效工资增量，40%作为本单位事业发展基金。据统计，三明市疾病预防控制中心2020年在岗职工年人均收入12.89万元，同比增长24.05%，疾控队伍参与医改的积极性得到有效调动。
其中，绩效增量收入来源主要有四个途径：首先是完成与政府部门签订的服务任务；提供推进疾控机构与医疗机构的深度合作，通过明确责任清单、订立服务协议等形式，建立工作衔接联动、服务整合连续、人员柔性流动等机制，落实防治结合，为公众提供多层次、多维度的疾病防治服务；每年从按区域内医保参人数每人每年预留10元，年终终由医改领导小组组织考核后确定，作为各级疾病预防控制中心绩效工资增量。考核得分以70分为合格线，高于70分的按照实际考核分/100分×预留总额提取，低于70分不予提取。其次是提供家庭医生签约服务。疾控机构人员参与家庭医生签约服务，可享受家庭医生团队成员相关待遇，服务收入应纳入疾控机构收入，并通过其内部绩效考核进行分配。再次是参与基本公共卫生服务。疾控机构对辖区公共卫生服务开展职责规定的相关技术指导、评价、培训、信息管理等工作，有关经费可按工作数量和质量从基本公共卫生服务专项经费中列支。最后是提供对外技术服务，鼓励疾控机构发挥专业技术优势，在确保完成好法定职责的前提下，允许利用既有设施、设备提供社会化服务，通过购买服务、横向合作等形式，承担政府有关部门、企事业单位、社会团体和个人委托开展的公共卫生技术项目服务。根据疾控机构的特点、能力，提供不同的服务项目，可采取签订协议，按项目付费等形式获得服务性收入。
9.建立绩效考核评价体系
一是建立动态调整的绩效考核方案。三明市医改领导小组每年根据上一年度考核情况，结合当年度改革重点任务，制定《公立医疗机构党高官和院长目标年薪制考核方案》，引导医院正确的办医方向，采取定性与定量、年度与日常考核相结合方式，从医院服务评价、办医方向、平安建设、医院管理、医院发展等方面设置对应的考核指标，按百分制在每年年终统一由三明市医改领导小组组织三明市卫生健康委员会、财政局、人力资源和社会保障局、医疗保障局等成员单位对院长履职情况进行全面考核。