碇真嗣的母亲名为绫波唯（在旧版里名为碇唯，碇源渡原名六分仪源渡，是入赘之后改姓的。）在他还很小的时候就死了。
以碇真嗣当时的年纪大概已经忘记了，实际上他见过母亲出事的场景，最初的EVA初号机控制系统计划采用的是直接插入S2机关的方式（在新剧场版中，初号机一开始就拥有S2机关，只是NERV轻易无法启动这个核心罢了），这一系统的发明者正是绫波唯，同时也自愿成为第一个实验对象。
结果实验当然是失败了，绫波唯直接消失在初号机体内，最终反而成为了初号机的控制系统，也是使得初号机几乎成为碇真嗣专属机体的根本原因。
这一点在新旧剧场版中差不多，虽然方式不同，不过碇真嗣的母亲都是在初号机的第一次启动中被吸收了。
也是从那时候开始，或许是刻意，或许是真的太忙，碇源渡再也没有真正出现在碇真嗣面前，于是童年时代的碇真嗣就在事实上落入了没有父母照看的境地。
当然基本的安全和教育都是没问题的，毕竟在这个少年的身后永远跟着数量不明的特务人员，保证他顺利成长只是最基本的任务。
碇真嗣清楚自己是被特殊照顾的情况，毕竟那么小一个孩子，独自生活的过程中难免也会遇到一些情况需要帮助。
也正是这种绝不同于其他同龄人的特殊待遇，再加上没有获得过家庭的温暖，最终就导致了碇真嗣如今性格的形成。
听话，懦弱内向，又容易在某些时候走极端。
而这一切尽在碇源渡的掌控。
来到第三新东京市，少年在面对许多事情时候做出的反应完全在碇源渡的预期之内。
这是14年前就写好的剧本，孩子们的命运早就被定好了。
于是按照碇源渡的安排，碇真嗣在开始慢慢融入校园生活的同时，与绫波丽的接触也开始增多。
绫波丽，14岁。
根据马鲁杜克的报告书选出来的第一适格者。
也就是EVANGELION试作零号机的专属操纵者。
过去的经历如同白纸全被消除了。
而真实情况则是，绫波丽是利用莉莉丝的体细胞和绫波唯（也即是碇真嗣母亲）的基因结合制作的克隆体，同时体内蕴含着莉莉丝的一点灵魂碎片，作为莉莉丝的灵魂容器而存在。
大概是技术上的不够成熟，按道理利用莉莉丝细胞制造的EVA零号机应该与绫波丽非常匹配，但是在实际试验过程中零号机却一直处于不太稳定的状态，各种失控事件不知道发生了多少次，驾驶员与EVA最基础的神经元同步率也不算高，这就导致EVA零号机能够发挥的力量和绝对领域强度都比较有限。
在抗击第四使徒的过程中，零号机就受过重创并且导致了绫波丽受伤，之后一直处于重建和维修之中，因此在之后与第五使徒昼天使的战斗中零号机只能作为一个万不得已情况下的预备力量。
然后又经过一段时间的处理，零号机与绫波丽终于休整得差不多了，于是启动试验再次展开，只是整个过程依旧充满了危险性，那个一身黄色涂装金属装甲的独眼EVA时不时就会失控，甚至经常拒绝绫波丽的精神链接，又或者试图将绫波丽的驾驶席拉入危险深度。